Żaneta Czyżnikowska

dr hab. Żaneta Czyżnikowska

Wykształcenie:

  • Doktor nauk chemicznych (UTP, Bydgoszcz)
  • Magister analityki medycznej (AM, Bydgoszcz)

Zainteresowania naukowe:

  • Teoretyczna biofizyka molekularna
  • Teoria oddziaływań międzycząsteczkowych
  • Metody obliczeniowe chemii kwantowej

 

Dorobek naukowy:

Prace:

  • T. Janek, L. R. Rodrigues · E. J. Gudiña · Ż. Czyżnikowska, Structure and mode of action of cyclic lipopeptide pseudofactin II with divalent metal ions, Colloids and surfaces B: Biointerfaces, (2016) [zaakceptowana do druku]
  • P. Czeleń, Ż Czyżnikowska, Physical nature of intermolecular interactions inside Sir2 homolog active site: Molecular dynamics and ab initio study, J. Mol.Mod. 22 (6) (2016)
  • H. Tzoupis, G. Leonis , A. Avramopoulos, H. Reis, Ż. Czyżnikowska, S. Zerva, N. Vergadou, L. D. Peristeras, K. D. Papavasileiou, M. N. Alexis, T. Mavromoustakos, M. G. Papadopoulos, Elucidation of the binding mechanism of renin using a wide array of computational techniques and biological assays, Journal of Molecular Graphics and Modelling 62 138-149 (2015)
  • A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska, S. Bielińska, Ł. Szyrwiel, W. Kamysz, W. Malinka, J. Brasuń, The impact of two -GlyProGly- motifs on formation of di-copper complexes by His4-cyclopeptides, New Journal of Chemistry 38 (11) 5198-5206 (2014)
  • A. Janicka-Kłos, H. Czapor-Irzabek, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, J. Brasuń The binding of Cu(II) by the peptide with Beta-Asp located in non-coordinating site – solution and structural studies, Inorganica Chimica Acta 241 67-73 (2014)
  • T. Misiaszek, Ż. Czyżnikowska, The nature of interactions in nicotinamide crystal, Journal of Molecular Graphics and Modelling 51 73-78 (2014)
  • A. Marciniak, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, A. Kotynia, J. Brasuń, Structural aspects of copper(II) binding by a multi-His analogue of somatostatin., Inorganica Chimica Acta 416 57-62 (2014)
  • E. Kamysz, A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska, M. Jaremko, Ł. Jaremko, M. Nowakowski, J. Brasuń, Sialorphin and its analog as ligands for copper(II) ions, Polyhedron 55 216-224 (2013)
  • Ż. Czyżnikowska, R. W. Góra, R. Zaleśny, W. Bartkowiak, A. Baranowska-Laczkowska, J. Leszczynski, The effect of intermolecular interactions on the electric dipole polarizabilities of nucleic acid base complexes, Chem. Phys. Lett. 555 230-234 (2013)
  • K. Łączkowski, Ż. Czyżnikowska,R. Zaleśny, A. Baranowska-Laczkowska, The B-H-B bridging interaction in B-substituted oxazaborolidine-borane complexes. A theoretical study, Structural Chemistry 24 (5) 1485-1492 (2013)
  • A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, Ł. Jaremko, O. Gładysz, M. Jaremko, A. Marciniak, J. Brasun, The role of hydroxyl group of Tyrosine in copper(II) binding by His-analogs of oxytocin, Inorganica Chimica Acta 396 40-48 (2013)
  • A. Marciniak, M. Cebrat, Ż. Czyżnikowska, J. Brasun, Novel short-chain analogues of somatostatin as ligands for Cu(II) ions – potential tool for peptide receptor radionuclide therapy/diagnosis. Role of the metal ion binding on the spatial structure of the ligand, Journal of Inorganic Biochemistry 11 10-17 (2012)
  • J. M. Bąk, Ż. Czyżnikowska, P. M. Dominiak, Deriving quantitative information on polarization of electron density from multipolar model – possible?, Acta Crystallographica Section A 65 (6 ), (2012)
  • A. Marchewka, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, J. Brasun, The structural aspects of the copper(II) binding by the His-analogue of somatostatin, Polyhedron 42 (1), 236-242 (2012)
  • G. Leonis, Ż. Czyżnikowska, G. Megariotis, H. Reis, M. Papadopoulos, Computational Studies of Darunavir into HIV-1 Protease and DMPC Bilayer: Necessary Conditions for Effective Binding and the Role of the Flaps., Journal of Chemical Information and Modeling 52 (6 ), 1542-1558 (2012)
  • M. M. Mikołajczyk, Ż. Czyżnikowska, P. . Czeleń, U. Bielecka, R. Zaleśny, P. Toman, W. Bartkowiak, Quantum chemical study on hole transfer coupling in nucleic acid base complexes containing 7-deazaadenine , Chem. Phys. Lett. 537 94–100 (2012) DOI
  • H. Czapor Irzabek, M. Cebrat, Ż. Czyżnikowska, J. Brasuń, The interaction of the ubiquitin 50-59 fragment with copper(II) ions, J. Inorg. Biochem. 110 40-45 (2011) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, J. Brasuń, A quantum-chemical study of binding abilities of beta-XaaHisGlyHis towards copper(II) ion, J. Mol. Model. 18 1365-1374 (2011) [DOI]
  • M. M. Mikołajczyk, R. Zaleśny, Ż. Czyżnikowska, P. Toman, J. Leszczynski, W. Bartkowiak, Erratum to: Long-range corrected DFT calculations of charge-transfer integrals in model metal-free phthalocyanine complexes, J. Mol. Model. (2011) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, W. Bartkowiak, Physical origins of the stability of aromatic amino acid core ring-polycyclic hydrocarbon complexes, J. Comput. Chem. 32 1887-1895 (2011) [DOI]
  • M. M. Mikołajczyk, R. Zaleśny, Ż. Czyżnikowska, P. Toman, J. Leszczynski, W. Bartkowiak, Long-range corrected DFT calculations of charge-transfer integrals in metal-free phthalocyanines, J. Mol. Model. 17 2143-2149 (2011) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, R. W. Góra, R. Zaleśny, P. Lipkowski, K. Jarzembska, P. Dominiak, J. Leszczynski, Structural variability and the nature of intermolecular interactions in Watson-Crick B-DNA base pairs, J. Phys. Chem. B114 9629-9644 (2010) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, On the importance of electrostatics in stabilization of stacked guanine-adenine complexes appearing in B-DNA crystals, J. Mol. Struct. (THEOCHEM)895 161-167 (2009) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, How does modification of adenine by hydroxyl radical influence the stability and the nature of stacking interactions in adenine-cytosine complex?, J. Mol. Model.15 615-622 (2009) [DOI]
  • M. Shukla, M. Dubey, E. Zakar, R. Namburu, Ż. Czyżnikowska, J. Leszczynski, Interaction of nucleic acid bases with single-walled carbon nanotube, Chem. Phys. Lett.480 269-272 (2009) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, M. Papadopoulos, Nucleic acid base complexes: Elucidation of the physical origins of their stability, In: Practical Aspects of Computational Chemistry, Editor: Leszczynski, Jerzy; Shukla, Manoj K., Springer 2009 [ISBN: 978-90-481-2686-6][DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, P. Lipkowski, R. W. Góra, R. Zaleśny, A. Cheng, On the nature of intermolecular interactions in nucleic acid base-amino acid side-chain complexes, J. Phys. Chem. B113 (33), 11511-11520 (2009) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, J. Kurzawa, R. Zaleśny, P. Lipkowski, W. Bartkowiak, Reinvestigation of electronic structure and properties of large betaine molecules, Chem. Phys. Lett.480 37-40 (2009) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, Theoretical insights into the nature of intermolecular interactions in cytosine dimer, Biophys. Chem.139 137-143 (2009) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, M. Papadopoulos, On the role of electrostatic interactions in stabilization of oxidized nucleic acid base complexes, AIP Conference Proceedings1148 301-304 (2009) [DOI]
  • P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, P. Czeleń,The post-SCF quantum chemistry characteristics of the guanine-guanine stacking in B-DNA, Phys. Chem. Chem. Phys.10 2665 (2008) [DOI]
  • Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, P. Cysewski, Quantum chemical study of the nature of stacking interactions of 2-oxo-adenine with native B-DNA purines, Pol. J. Chem.82 2269-2279 (2008) [abstrakt]
  • Ż. Czyżnikowska, R. Zaleśny, M. Ziółkowski, R. W. Góra, P. Cysewski, The nature of interactions in uracil dimer: An ab initio study, Chem. Phys. Lett.450 132-137 (2007) [DOI]
  • P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska-Balcerak, A Post-SCF quantum chemistry study on local minima of 8-oxo-guanine stacked with all four nucleic acid bases in B-DNA conformations , J. Heterocyc. Chem.44 765-773 (2007) [abstrakt]
  • P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska-Balcerak, The MP2 quantum chemistry study on the local minima of guanine stacked with all four nucleic acid bases in conformations corresponding to mean B-DNA, J. Mol. Struct. (THEOCHEM)757 29-36 (2005) [DOI]
  • P. Cysewski, Ż. Czyżnikowska-Balcerak, B. Szefler, An ab initio post SCF study on stacking interactions of 8-oxo-9-methylguanine with four canonical DNA bases , Pol. J. Chem.77 1287-1300 (2003) [abstrakt]

 

Konferencje:

  • Ż. Czyżnikowska-Balcerak, P. Cysewski, R. Zaleśny, M. Ziółkowski.: 2007, wykład „Wykorzystanie technik density-fitting do opisu oddziaływań bocznych pochodnych adeniny powstałych w wyniku działania rodnika wodorotlenowego” W:50th Anniversary Polish Chemical Society & Polish Association of Chemical Engineers Congress & 11th EuCheMS – DCE. International Conference on Chemistry and the Environment. Toruń, 9-12 September 2007. Abstract book; eds. Bogusław Buszewski, Monika Michel; s.11 poz.S6-CL-1
  • Zaleśny, M. Mikołajczyk, W. Bartkowiak, Ż. Czyżnikowska, J. Leszczyński, P. Toman.: Charge transport in stacked triphenylenes: a long-range corrected density functional study W:9th Southern School on Material Science and Computational Chemistry. Jackson, MS, July 27-29, 2009; s.28
  • Ż. Czyżnikowska, P. Lipkowski, R. W. Góra, R. Zaleśny, P. M. Dominiak, K. N. Jarzembska, J. Leszczyński.: Structural variability and the nature of intermolecular interactions in Watson-Crick guanine-cytosine base pairs W:Modeling Interactions in Biomolecules IV. Hruba Skala, September 14th-19th, 2009. Program & book of abstracts; s.53 poz.40
  • M. Mikołajczyk, R. Zaleśny, Ż. Czyżnikowska, P. Toman, W. Bartkowiak, J. Leszczyński.: Metody oparte na teorii funkcjonałów gęstości w obliczeniach całek przeniesienia ładunku w modelowych dimerach
    W:Materiały XVII Ogólnopolskiej Konferencji „Kryształy molekularne”. Polanica Zdrój – Wrocław, 13-17 września 2010; Wrocław : Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, 2010; s.93 poz.P-29
    ISBN 978-83-7493-546-3
  • Ż. Czyżnikowska, W. Bartkowiak.: Natura oddziaływań międzycząsteczkowych w kryształach związków o znaczeniu biologicznym
    W:Materiały XVII Ogólnopolskiej Konferencji „Kryształy molekularne”. Polanica Zdrój – Wrocław, 13-17 września 2010; Wrocław : Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, 2010; s.73 poz.P-9 ISBN 978-83-7493-546-3
  • Kurzawa, R. Zaleśny, Ż. Czyżnikowska, W. Bartkowiak.: Teoretyczne przewidywania właściwości elektrycznych barwników betainowych i merocyjaninowych W:Materiały XVII Ogólnopolskiej Konferencji „Kryształy molekularne”. Polanica Zdrój – Wrocław, 13-17 września 2010; Wrocław : Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, 2010; s.84 poz.P-20ISBN 978-83-7493-546-3
  • Ż. Czyżnikowska, J. Brasuń.: A computational study of Cu(II)-βXaaHisGlyHis complexes W:Modeling & Design of Molecular Materials 2010. Wrocław, Poland, July 4-8, 2010. Conference information & abstracts; poz.P10
  • Ż. Czyżnikowska, J. Leszczyński.: Influence of oxidative damage of purines on the nature of stacking interactions. A post-HF and DFT-SAPT study W:Modeling & Design of Molecular Materials 2010. Wrocław, Poland, July 4-8, 2010. Conference information & abstracts; poz.P-11
  • Kurzawa, R. Zaleśny, Ż. Czyżnikowska, W. Bartkowiak.: On the reliability of ab initio methods in prediction of electric dipole (hyper)polarizabilities of betaine and merocyanine dyes. A critical study W:Modeling & Design of Molecular Materials 2010. Wrocław, Poland, July 4-8, 2010. Conference information & abstracts; poz.P31
  • Ż. Czyżnikowska, R. W. Góra, W. Bartkowiak.: Many-body interactions in molecular complexes of biological relevance
    W:10-th Central European Symposium on Theoretical Chemistry. Toruń, Poland, September 25-28, 2011. Book of abstracts; s.63
  • Marchewka, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, J. Brasuń.: Coordination abilities of somatostatin and octreotide analogs towards copper(II) ions W:21st Polish Peptide Symposium. Supraśl (Poland), September, 4th-8th, 2011. Programme and abstracts; s.112 poz.P50/II
  • Kotynia, A. Marchewka, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, J. Brasuń.: His-analogues of somatostatin as potential tool in receptor therapy Arch.Med.Sci. 2011 Vol.7 no.1 suppl.1; s.S212 poz.293 7th Warsaw International Medical Congress for Young Scientists. Warsaw, May 6-8, 2011. Abstract book
  • Marchewka, A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska, M. Cebrat, J. Brasuń.: Wpływ podstawienia reszt cysteinowych resztami histydyny na właściwości koordynacyjne i strukturę oligopeptydów wykazujących aktywność biologiczną i ich analogów W:V Kopernikańskie Seminarium Doktoranckie. Toruń, 16-18.06.2011; s.36
  • Brasuń, A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska.: The Xx/Cu complexes of cyclopeptides – structural studies W:22nd Polish Peptide Symposium. Kudowa Zdrój, September 1st-5th, 2013. Programme and abstracts ; eds Rafał Latajka, Artur Mucha, Michał Jewgiński; Wrocław : Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, 2013; s.63 poz.P05(I) ISBN 978-83-7493-783-2
  • Kotynia, A. Marciniak, M. Cebrat, Ż. Czyżnikowska, J. Brasuń.: The influence of structural modification new somatostatin analogues on its coordination abilities W:XII International Symposium on Inorganic Biochemistry „Collaboration and beyond”. Wrocław, Poland, 28 August – 1 September 2013. Book of abstracts; s.66 poz.P-18
  • Brasuń, A. Kotynia, Ż. Czyżnikowska.: The formation of Xx(II)/Cu(II) dinuclear complexes by cyclopeptides Acta Int.Symp.Met.Complex. 2014 Vol.4; s.99-100 poz.P11 International Symposium on Metal Complexes – ISMEC 2014. Pavia (Italy), June 8th-12th, 2014
  • Cysewski, B. Szefler, Ż. Czyżnikowska.: Factors contributing to stabilization of glycine crystals polymorphs
    W:Modeling & Design of Molecular Materials 2014. Kudowa Zdrój, Poland, June 29 – July 3, 2014. Conference program & abstracts; poz.L33
  • Czeleń, Ż. Czyżnikowska.: Physical nature of intermolecular interactions within Sir2 homolog active site: molecular dynamics and SAPT-DFT study W:Modeling & Design of Molecular Materials 2014. Kudowa Zdrój, Poland, June 29 – July 3, 2014. Conference program & abstracts; poz.P76B
  • T. Misiaszek, Ż. Czyżnikowska.: The nature of interactions in nicotinamide crystal
    W:57. Zjazd Polskiego Towarzystwa Chemicznego i Stowarzyszenia Inżynierów i Techników Przemysłu Chemicznego „Chemia – nadzieje i marzenia”. Częstochowa, 14-18 września 2014 r. Materiały zjazdowe, streszczenia; Warszawa : Polskie Towarzystwo Chemiczne, 2014; s.354 poz.S09-P23
    ISBN 978-83-931072-6-1